Twist Human Methylome Panel

Twist Human Methylome には、生物学的に重要なメチル化マーカーを標的とする 123 Mb のゲノムコンテンツを通して、398 万の CpG 部位が含まれています。本パネルは、ゲノムに含まれる最新かつアノテーション付きで重要な CpG メチル化領域のキャプチャおよび検出に特化しています。ゲノムの CpG アイランドの 84%（17,915,988）が、このパネルを用いたエンリッチメントで同定されます。その後に続く CpG shores、shelves、open seaのさらなる 105,288,339 塩基と塩基対がカバーされています。カバレッジの重複は、アレイカバレッジデータファイルと比較したシャドウ・カバレッジを含めて、カバレッジの社内実験データから決定されます。

マイクロアレイは静的コンテンツで設計されているため、新たなエピゲノム標的の発見を妨げる可能性があります。また、現在市販されているアレイは、エピゲノム全体のメチロームに対するカバレッジが低く、多くのメチル化 CpG 部位が測定されないままになります。Twist Human Methylome ターゲットエンリッチメントのアプローチは、 NGS プラットフォームが提供するシーケンスリード全体にわたって、コンテンツの拡張と１塩基解像度を可能にするハイブリッドキャプチャパネルによって、そうした制限に対処します。

マイクロアレイは、低域ではバックグラウンドノイズが大きく、高域ではシグナルが飽和するため、メチル化検出における両極端に固有の限界があります。NGS のダイナミックレンジの高さにより、 Twist Human Methylome Panel は、特にメチル化分画の低域と高域の両方で、メチル化差異領域（DMR）をより正確にコーリングすることが可能です。

Twist Human Methylome Panel は、正確で高感度、高パフォーマンスのハイブリッドキャプチャ効率を提供するために設計され、ウェットラボに最適化されています。本パネルは、カバレッジ 30X で塩基の 90% をカバーするカバレッジ深度と、オンターゲット率 95% という高いプローブ特異性を実現しています。また、1.54 という fold 80 値を実現し、ベースコールの山谷の差分を小さくすることでターゲット領域全体に高い均一性を実現しています。逆に、カバレッジ 150x（正規化前）という高いシーケンシング深度でduplication率が 4% 未満であり、ライブラリの複雑性が示されました。パネルの全体的なキャプチャ効率の指標は、最小限のシーケンシングコストで、メチル化分画全体の検出において高い信頼性を示しています。