Twist Human Methylome Panel | Twist Bioscience

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Twist Human Methylome Panelは、123 Mb のゲノムコンテンツを通じて、ゲノム上の 398 万個の CpG 部位を対象とし、生物学的に関連性の高いメチル化マーカーを探索するものです。本パネルは、がん転移、ヒトの発生、機能ゲノミクスなど、多様な用途においてメチル化分画を探索する研究者にとって理想的な選択肢となる、さまざまなコンテンツを有しています。

本パネルは、 Twist NGSメチル化検出システムとの併用に最適化・検証されており、業界をリードするパフォーマンスで完全なエンドツーエンドのワークフローを実現します。高いキャプチャ効率により、エピゲノムのフットプリント全域で検出感度が向上し、かつシーケンシングのコストを削減します。本パネルは、コホートサンプルのスクリーニングやさまざまなメチル化領域の探索に最適です。

設計とワークフローの効率化

エンドツーエンドのワークフローによるパフォーマンスの最適化
ライブラリの複雑性の増大
スパイクインコンテンツの追加に柔軟に対応

一般的なマイクロアレイよりも広いカバレッジ

全 CpG サイトについて、最大約 5.9 倍も高いカバレッジ
CpG アイランドの塩基をより多くカバー
最新の参照データベースをもとに作製

マイクロアレイに対する優位性

特異的メチル化領域での高いコール数
隣接する CpG 部位の上流と下流をより多くカバー

設計とワークフローの効率化

A complete solution that produces highly complex and uniform sequencing reads for methylation analysis. The end-to-end protocol achieves this by combining an innovative, enzymatic conversion process, optimized target enrichment workflow, and highly developed panel design process.

一般的なマイクロアレイと比較して広範なカバレッジ

The Twist Human Methylome contains 3.98M CpG sites through the 123 Mb of genomic content target biologically relevant methylation markers. The panel is highly targeted to capture and detect the most current, annotated, and relevant CpG methylation regions in the genome. 84% (17,915,988) of the CpG islands in the genome are identified through enrichment with this panel. An additional 105,288,339 bases of subsequent shores, shelves, and open sea CpG’s and base pairs are covered. Coverage overlap determined by internal experimental data of coverage, including shadow coverage compared to array coverage data files.

一般的なマイクロアレイに対する優位性

マイクロアレイは静的コンテンツで設計されているため、新たなエピゲノム標的の発見を妨げる可能性があります。また、現在市販されているアレイは、エピゲノム全体のメチロームに対するカバレッジが低く、多くのメチル化 CpG 部位が測定されないままになります。Twist Human Methylome ターゲットエンリッチメントのアプローチは、 NGS プラットフォームが提供するシーケンスリード全体にわたってコンテンツの拡張と一塩基解像度を可能にするハイブリッドキャプチャパネルによって、そうした制限に対処します。

マイクロアレイは、低域ではバックグラウンドノイズが大きく、高域ではシグナルが飽和するため、メチル化検出における両極端に固有の限界があります。NGS のダイナミックレンジの高さにより、 Twist Human Methylome Panel は、特にメチル化分画の低域と高域の両方で、メチル化差異領域（DMR）をより正確にコーリングすることが可能です。

パフォーマンス

Twist Human Methylome Panel は、正確で高感度、高パフォーマンスのハイブリッドキャプチャ効率を提供するために設計され、ウェットラボに最適化されています。The panel achieves a depth of coverage of 90% of bases at 30x coverage with high probe specificities of 95% on-target rates. The panel also achieves a fold 80 of 1.54 providing high uniformity across the target region by decreasing the delta between the peaks and valleys of the base call pile ups. Library complexity was inversely represented by a <4% duplication rate at a high sequencing depth of 150x raw coverage. 本パネルの全体的なキャプチャ効率指標は、最小限のシーケンシングコストでメチル化分画全体にわたって高い信頼性で検出が可能であることを示しています。