Twist Human Methylome Panel

Twist Human Methylome には、生物学的に重要なメチル化マーカーをターゲットとした 123 Mb のゲノムコンテンツ中に存在する 398 万の CpG 部位が含まれています。本パネルは、ゲノムに含まれる最新かつアノテーション付きで重要な CpG メチル化領域のキャプチャおよび検出に特化しています。ゲノムの CpG アイランドの 84%（17,915,988）が、このパネルを用いたエンリッチメントで同定されます。それに続く、さらに 105,288,339 塩基の CpG アイランドショア（shores）、シェルフ（shelves）、オープン・シー（open sea）と塩基対がカバーされています。カバレッジの重複は、マイクロアレイのカバレッジデータファイルと比較したシャドウ・カバレッジを含めて、カバレッジの当社実験データから決定されています。

マイクロアレイは静的コンテンツで設計されているため、新たなエピゲノム標的の発見を妨げる可能性があります。また、現在市販されているアレイは、エピゲノム全体のメチロームに対するカバレッジが低く、多くのメチル化 CpG 部位が測定されないままになります。Twist Human Methylome ターゲットエンリッチメントのアプローチは、 NGS プラットフォームが提供するシーケンスリード全体にわたってコンテンツの拡張と一塩基解像度を可能にするハイブリッドキャプチャパネルによって、そうした制限に対処します。

マイクロアレイは、低域ではバックグラウンドノイズが大きく、高域ではシグナルが飽和するため、メチル化検出における両極端に固有の限界があります。NGS のダイナミックレンジの高さにより、 Twist Human Methylome Panel は、特にメチル化分画の低域と高域の両方で、メチル化差異領域（DMR）をより正確にコーリングすることが可能です。

Twist Human Methylome Panel は、正確で高感度、高パフォーマンスのハイブリッドキャプチャ効率を提供するために設計され、ウェットラボに最適化されています。本パネルは、カバレッジ 30x で塩基の 90% をカバーするカバレッジ深度と、オンターゲット率 95% という高いプローブ特異性を実現しています。また、1.54 という fold 80 値を実現し、ベースコールの山谷の差分を小さくすることでターゲット領域全体に高い均一性を実現しています。逆に、カバレッジ 150x（正規化前）という高いシーケンシング深度で 4% 未満という低重複率によって、ライブラリの複雑性が表現されます。本パネルの全体的なキャプチャ効率指標は、最小限のシーケンシングコストでメチル化分画全体にわたって高い信頼性で検出が可能であることを示しています。