メチル化プロファイリングにおける発見
メチル化プロファイリングにおける発見
メチル化プロファイリングにおける発見
概要 データ ご注文 資料
概要

Twist Human Methylome Panelは、123 Mb のゲノムコンテンツを通じて、ゲノム上の 398 万個の CpG 部位を対象とし、生物学的に関連性の高いメチル化マーカーを探索するものです。本パネルは、がん転移、ヒトの発生、機能ゲノミクスなど、多様な用途においてメチル化分画を探索する研究者にとって理想的な選択肢となる、さまざまなコンテンツを有しています。

本パネルは、 Twist NGSメチル化検出システムとの併用に最適化・検証されており、業界をリードするパフォーマンスで完全なエンドツーエンドのワークフローを実現します。高いキャプチャ効率により、エピゲノムのフットプリント全域で検出感度が向上し、かつシーケンシングのコストを削減します。本パネルは、コホートサンプルのスクリーニングやさまざまなメチル化領域の探索に最適です。

 

設計とワークフローの効率化
設計とワークフローの効率化
エンドツーエンドのワークフローによるパフォーマンスの最適化
ライブラリの複雑性の増大
スパイクインコンテンツの追加に柔軟に対応
一般的なマイクロアレイよりも広いカバレッジ
一般的なマイクロアレイよりも広いカバレッジ
4倍以上のCpGサイトのカバレッジ
CpG アイランドの塩基をより多くカバー
最新の参照データベースをもとに作製
 マイクロアレイに対する優位性
マイクロアレイに対する優位性
特異的メチル化領域での高いコール数
隣接する CpG 部位の上流と下流をより多くカバー
設計とワークフローの効率化

メチル化解析のため、高度に複雑で均一なシーケンスリードを生成する完全なソリューションです。革新的な酵素変換プロセス、最適化されたターゲットエンリッチメントワークフロー、高度に開発されたパネルデザインプロセスを組み合わせることにより、エンドツーエンドプロトコルを実現します。
 

ワークフロー

Twist Human Methylome Panelは、123 Mb のゲノムコンテンツを通じて、ゲノム上の 398 万個の CpG 部位を対象とし、生物学的に関連性の高いメチル化マーカーを探索するものです。本パネルは、がん転移、ヒトの発生、機能ゲノミクスなど、多様な用途においてメチル化分画を探索する研究者にとって理想的な選択肢となる、さまざまなコンテンツを有しています。

本パネルは、 Twist NGSメチル化検出システムとの併用に最適化・検証されており、業界をリードするパフォーマンスで完全なエンドツーエンドのワークフローを実現します。高いキャプチャ効率により、エピゲノムのフットプリント全域で検出感度が向上し、かつシーケンシングのコストを削減します。本パネルは、コホートサンプルのスクリーニングやさまざまなメチル化領域の探索に最適です。

 

設計とワークフローの効率化
設計とワークフローの効率化
エンドツーエンドのワークフローによるパフォーマンスの最適化
ライブラリの複雑性の増大
スパイクインコンテンツの追加に柔軟に対応
一般的なマイクロアレイよりも広いカバレッジ
一般的なマイクロアレイよりも広いカバレッジ
4倍以上のCpGサイトのカバレッジ
CpG アイランドの塩基をより多くカバー
最新の参照データベースをもとに作製
 マイクロアレイに対する優位性
マイクロアレイに対する優位性
特異的メチル化領域での高いコール数
隣接する CpG 部位の上流と下流をより多くカバー
設計とワークフローの効率化

メチル化解析のため、高度に複雑で均一なシーケンスリードを生成する完全なソリューションです。革新的な酵素変換プロセス、最適化されたターゲットエンリッチメントワークフロー、高度に開発されたパネルデザインプロセスを組み合わせることにより、エンドツーエンドプロトコルを実現します。
 

ワークフロー

データ
一般的なマイクロアレイより広いカバレッジ

Twist Human Methylome は、123 Mb のゲノムコンテンツを通じて、ゲノム上の 398 万個の CpG 部位を対象とし、生物学的に関連性の高いメチル化マーカーを探索するものですこのパネルは、ゲノム中の最新の、アノテーションが付けられている、関連性の高い CpG メチル化領域をキャプチャ・検出するよう高度にターゲット化されています。ゲノム中の CpG アイランドは、このパネルで濃縮されることにより 84%(17,915,988)が同定されます。さらに、それに続く CpG アイランドショア、シェルフ、非 CpG 領域(open sea)の 105,288,339 塩基と塩基対もカバーされます。

一般的なマイクロアレイより広いカバレッジ
一般的なマイクロアレイに対する優位性

マイクロアレイは静的コンテンツで設計されているため、新たなエピゲノム標的の発見を妨げる可能性があります。また、現在市販されているアレイは、エピゲノム全体のメチロームに対するカバレッジが低く、多くのメチル化 CpG 部位が測定されないままになります。Twist Human Methylome ターゲットエンリッチメントのアプローチは、 NGS プラットフォームが提供するシーケンスリード全体にわたって、コンテンツの拡張と1塩基の分解能を可能にするハイブリッドキャプチャパネルによって、そうした制限に対処します。

マイクロアレイは、低域ではバックグラウンドノイズが大きく、高域ではシグナルが飽和するため、メチル化検出における両極端に固有の限界があります。NGS の高いダイナミックレンジにより、 Twist Human Methylome Panelは、特にメチル化率の低い領域と高い領域の両方で、メチル化差異領域(DMR)をより正確に検出できます(図 4)。

 

一般的なマイクロアレイに対する優位性
パフォーマンス

Twist Human Methylome Panelは、正確で高感度、高パフォーマンスのハイブリッドキャプチャ効率を提供するために設計され、ウェットラボに最適化されています。本パネルは、カバレッジ 30X で塩基の 90% をカバーするカバレッジ深度と、オンターゲット率 95% という高いプローブ特異性を実現しています。また、1.54 という fold 80 値を実現し、ベースコールの山谷の差分を小さくすることでターゲット領域全体に高い均一性を実現しています。逆にライブラリの複雑性については、150x raw coverage という高いシーケンス深度でduplicate率が 4% 未満であり、高い複雑性が示されていました。パネルのキャプチャ効率の指標は全体的に、最小限のシーケンスコストで、メチル化領域全体における検出について、高い信頼性を示しています。

 

パフォーマンス
一般的なマイクロアレイより広いカバレッジ

Twist Human Methylome は、123 Mb のゲノムコンテンツを通じて、ゲノム上の 398 万個の CpG 部位を対象とし、生物学的に関連性の高いメチル化マーカーを探索するものですこのパネルは、ゲノム中の最新の、アノテーションが付けられている、関連性の高い CpG メチル化領域をキャプチャ・検出するよう高度にターゲット化されています。ゲノム中の CpG アイランドは、このパネルで濃縮されることにより 84%(17,915,988)が同定されます。さらに、それに続く CpG アイランドショア、シェルフ、非 CpG 領域(open sea)の 105,288,339 塩基と塩基対もカバーされます。

一般的なマイクロアレイより広いカバレッジ
一般的なマイクロアレイに対する優位性

マイクロアレイは静的コンテンツで設計されているため、新たなエピゲノム標的の発見を妨げる可能性があります。また、現在市販されているアレイは、エピゲノム全体のメチロームに対するカバレッジが低く、多くのメチル化 CpG 部位が測定されないままになります。Twist Human Methylome ターゲットエンリッチメントのアプローチは、 NGS プラットフォームが提供するシーケンスリード全体にわたって、コンテンツの拡張と1塩基の分解能を可能にするハイブリッドキャプチャパネルによって、そうした制限に対処します。

マイクロアレイは、低域ではバックグラウンドノイズが大きく、高域ではシグナルが飽和するため、メチル化検出における両極端に固有の限界があります。NGS の高いダイナミックレンジにより、 Twist Human Methylome Panelは、特にメチル化率の低い領域と高い領域の両方で、メチル化差異領域(DMR)をより正確に検出できます(図 4)。

 

一般的なマイクロアレイに対する優位性
パフォーマンス

Twist Human Methylome Panelは、正確で高感度、高パフォーマンスのハイブリッドキャプチャ効率を提供するために設計され、ウェットラボに最適化されています。本パネルは、カバレッジ 30X で塩基の 90% をカバーするカバレッジ深度と、オンターゲット率 95% という高いプローブ特異性を実現しています。また、1.54 という fold 80 値を実現し、ベースコールの山谷の差分を小さくすることでターゲット領域全体に高い均一性を実現しています。逆にライブラリの複雑性については、150x raw coverage という高いシーケンス深度でduplicate率が 4% 未満であり、高い複雑性が示されていました。パネルのキャプチャ効率の指標は全体的に、最小限のシーケンスコストで、メチル化領域全体における検出について、高い信頼性を示しています。

 

パフォーマンス
ご注文
製品 SKU

105517

Twist Human Methylome Panel、2 反応

105520

Twist Human Methylome Panel、12 反応

105521

Twist Human Methylome Panel、96 反応
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Twist Human Methylome Panel、2 反応

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Twist Human Methylome Panel、12 反応

105521

Twist Human Methylome Panel、96 反応
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