Enzymatic Fragmentation 2.0 Library Prep Kit

The on-target rate for the Twist EF 2.0 Library Prep Kit is equivalent to the on-target rate achieved with the Twist EF 1.0 Library Prep Kit. 図では、異なるハイブリダイゼーション条件におけるオンターゲット率を示しています。

ターゲットエンリッチメントは、 Twist Core Exome Panel および Twist Universal Adapter System を用いて実施しました。シーケンシングは NextSeq® 550 または 2000 プラットフォームで行いました。データをターゲットサイズの 150 倍にダウンサンプリングし、Picard Metrics を用いて解析しました。エラーバーは反復して実施した際の標準偏差を表しています。

During library preparation, minimizing inappropriate DNA ligation or recombination reduces chimera-derived sequencing errors. The upgraded Twist EF 2.0 Library Prep Kit provides a significantly decreased fraction of chimera reads, shown here against the Twist EF 1.0 Library Prep Kit. It also shows equivalent chimera rates compared to library preparation with mechanical fragmentation.

NGS libraries were generated with the Twist EF 1.0 Library Prep Kit, Twist EF 2.0 Library Prep Kit, or Twist Mechanical Fragmentation Library Prep Kit. ターゲットエンリッチメントは、 Twist Core Exome Panel および Twist Universal Adapter System を用いて実施しました。シーケンシングは NextSeq® 2000 プラットフォームで行いました。データはターゲットサイズの 150 倍までダウンサンプリングし、Picard Metrics の PCT_CHIMERAS の値を得ました。エラーバーは反復して実施した際の標準偏差を表しています。

再現可能なパフォーマンスにより、結果の信頼性が保証されます。When experimental conditions are held constant, the Twist EF 2.0 Library Prep Kit produces a robust, consistent DNA library fragment size. こちらの図は、本キットで調製された８種類の NGS ライブラリの電気泳動図です。蛍光曲線が重なっていることから、一貫したライブラリ調製が可能であることが分かります。

NGS libraries were generated with the Twist EF 2.0 Library Prep Kit and Twist's Universal Adapter system. 50 ng of high-quality gDNA was fragmented for 20 minutes at 37°C. 6 cycles of PCR were utilized for amplification. サンプルは Agilent DNA 7500 アッセイで解析し、Expert 2100 ソフトウェアで結果を重ね合わせました。

With the Twist EF 2.0 Library Prep Kit, DNA library fragment size can be tuned to your specific needs by simply adjusting fragmentation time.

こちらの図は、断片化時間を変えて作製した４つの NGS ライブラリの電気泳動図です。NGS libraries were generated with the Twist EF 2.0 Library Prep Kit and Twist's Universal Adapter System. 50 ng of high-quality gDNA was fragmented for various times at 37°C. 6 cycles of PCR were utilized for amplification. Samples were analyzed with an Agilent DNA 7500 assay, and results were overlaid in Expert 2100 software.

増幅時のエラーは避けられませんが、できれば減らしたいものです。The upgraded Twist EF 2.0 Library Prep Kit includes the Equinox Master Mix, featuring a high-fidelity hot-start enzyme. これまで推奨されてきた一般的なポリメラーゼの使用と比較して、Equinox Master Mix は誤って取り込まれる塩基が少なく、低エラー率であることが実証されています。つまり、より正確な増幅が可能であり、結果として信頼性の高いシーケンス解析データを得ることができます。

NGS を用いた独自のアッセイにより、多数のミスマッチ塩基対にわたって見られる誤った塩基の取り込みを測定した結果を右図で示しています。表示されている値は、すべての誤取込イベントの平均エラー率を表しています。