Comprehensive Viral Research Panel

Twist Comprehensive Viral Research Panelは、RefSeq、FluDB、VIPRデータベースから参照配列を収集し、1,052,421種類の固有のプローブで構成するように設計しました。

このパネルは、アデノウイルス、コロナウイルス、フラビウイルス、ノロウイルス、インフルエンザウイルスなど、ヒトに感染することが知られているウイルスを少なくとも1 つ含む、全てのウイルス科に対応しています。

またこのパネルは、ヒトに感染するウイルスだけでなく、動物に感染するウイルス（コウモリコロナウイルスなど）もターゲットとしています。これにより、起源に関係なく、新しいウイルス種を発見することができます。

この多様なTwist Comprehensive Viral Research Panelを用いることで、2020年6月に養豚関係者の間で発生したH1N1インフルエンザに関連するウイルス株など、新規および進化した株を検出することができます。

動物におけるコロナウイルスのスパイクおよびインフルエンザヘマグルチニン（HA）糖タンパク質の自然淘汰は、SARS-CoV-2およびH1N1インフルエンザの人獣共通感染を促進しました。

こちらの表では、Twist Comprehensive Viral Research Panelを使用することで、最近発見されたコロナウイルス（RoBat-CoV GCCDC1 Singapore）のスパイク領域や2020年6月に養豚関係者間で発生したH1N1インフルエンザから単離されたHAセグメントなど、キャプチャが難しいシーケンスをうまく検出できることを示しています。

Twistのパネルは、1x以上でのカバレッジで各シーケンスの99.8%以上を検出しました。
 

野生型のHAセグメントを5%から30%の範囲で設定した変異配列を含む一連のHAセグメントを用いて、Twist Comprehensive Viral Research Panelのミスマッチ許容性を決定しました。

最大10％の配列変異を含むサンプルについて、トータルで1xでの完全なカバレッジを得ました。これらのデータを合わせると、Twist Comprehensive Viral Research Panelが高度に進化したウイルス配列をキャプチャできることがわかります。

Twist Comprehensive Viral Research Panelを使用すると、複数のウイルスを一度に検出することが可能で、様々なサンプルタイプにおけるメタゲノミクスへの応用に使用できます。

多重感染のアッセイとして、このパネルでは、わずか 120 万リードで、ヒトRNAに添加（スパイクイン）した4種類の異なるウイルス（アストロウイルス：ssRNA、BK ウイルス：dsDNA、ボカウイルス：ssDNA、およびピコビルナウイルス：dsRNA）全てを検出しました。
 

Twist Comprehensive Viral Research Panelには、ウェブ解析ツールであるOne Codexへのアクセス権が含まれています。このクラウドベースのツールは、解析のサポートだけでなく、レポートや論文用の図表を抽出できるため、新しいウイルス発見の取り組みを記録することもできます。

One Codexを用いることで、Twist Comprehensive Viral Research Panelで得られた配列データをより簡単に解析できます。簡単で操作性の高いインターフェースで配列データをアップロードすると、数分後には新しいウイルス発見の結果をまとめたレポートを作成することができます。また、お客様独自の検出閾値や解釈を用いてバイオインフォマティクスのワークフローをカスタマイズすることができます。

Twist Comprehensive Viral Research Panelを購入すると、クーポンコードや詳細な手順など、One Codexで結果を解析するために必要なものがすべて揃っています。この効率的な微生物解析プラットフォームの詳細についてはonecodex.comをご覧ください。