Comprehensive Viral Research Panel

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、RefSeq、FluDB、VIPR の各データベースから収集した参照配列に基づいて、1,052,421 種類のプローブで構成するように設計されています。

このパネルは、アデノウイルス、コロナウイルス、フラビウイルス、ノロウイルス、インフルエンザウイルスなどヒトに感染することが知られているあらゆるウイルス科を幅広く網羅しており、それぞれに少なくとも１つのウイルス種が含まれています。

また本パネルは、ヒトに感染するウイルスだけでなく、動物に感染するウイルス（コウモリコロナウイルスなど）もターゲットとしています。これにより、起源に関係なく、新しいウイルス種を検出することができます。

この網羅的な Twist Comprehensive Viral Research Panel を用いることで、2020 年 6 月に養豚関係者の間で発生した H1N1 インフルエンザに関連するウイルス株など、新型かつ進化した株を検出することが可能です。

動物におけるコロナウイルスのスパイクおよびインフルエンザのヘマグルチニン（HA）糖タンパク質の自然選択により、 SARS-CoV-2 および H1N1 インフルエンザの人獣共通感染が促進されました。

こちらの図では、 Twist Comprehensive Viral Research Panel を使用することで、最近発見されたコロナウイルス（RoBat-CoV GCCDC1 Singapore）のスパイク領域や 2020 年 6 月に養豚関係者の間で発生した H1N1 インフルエンザから単離された HA セグメントなど、キャプチャが難しい配列をうまく検出できることを示しています。

Twist のパネルは、1x 以上の深度で各配列の 99.8% 超のカバレッジを達成できました。
 

野生型の HA セグメントを 5% から 30% の設定範囲で変異させた配列を含む一連の HA セグメントを用いて、 Twist Comprehensive Viral Research Panel のミスマッチ感度を決定しました。

最大 10％ の配列変異を含むサンプルについて、1x のカバレッジで完全なキャプチャを得ました。これらのデータを合わせると、 Twist Comprehensive Viral Research Panel が高度に進化したウイルス配列をキャプチャできることがわかります。

Twist Comprehensive Viral Research Panel を使用すると、複数のウイルスを一度に検出することが可能で、さまざまな種類のサンプルにおけるメタゲノミクスの用途に使用できます。

共感染アッセイでは、このパネルはわずか 120 万リードで、ヒト RNA に混入させた４種類の異なるウイルス（アストロウイルス：１本鎖 RNA 、BK ウイルス：２本鎖 DNA 、ボカウイルス：１本鎖 DNA 、ピコビルナウイルス：２本鎖 RNA ）全てを検出しました。
 

Twist Comprehensive Viral Research Panel には、ウェブ解析ツールである One Codex へのアクセス権が含まれています。このクラウド型ツールは、解析の支援だけでなく、新型ウイルス検出の取り組みについて、印刷可能なレポート、そして論文にそのまま使える図表を用いて文書化することも可能です。

One Codex を用いることで、 Twist Comprehensive Viral Research Panel で得られた配列データをより簡単に解析できます。簡単で操作性の高いインターフェースで配列データをアップロードすると、数分後には新規ウイルス検出結果をまとめたレポートを作成することができます。また、ユーザー独自の検出閾値や解釈を用いてバイオインフォマティクスワークフローのカスタマイズも可能です。

Twist Comprehensive Viral Research Panel を購入すると、クーポンコードや詳細な手順など、One Codex で結果を解析するために必要なものがすべて揃っています。この合理的な微生物解析プラットフォームの詳細については onecodex.com をご覧ください。