新型ウイルスの検出
新型ウイルスの検出
新型ウイルスの検出
概要 データ データ解析 注文・仕様 資料
概要

新型ウイルス種の検出

SARS-CoV-2 の大流行とサル痘の発生は、新たなウイルス病原体の検出と監視のためのツールを改善する必要性を浮き彫りにしました。

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、さまざまな種類のサンプルに含まれる、高度に進化した新型のウイルスを迅速に同定し、その特性を明らかにするための完璧なターゲットエンリッチメントソリューションです。

検出
新型ウイルス種の網羅的な検出
3,153 種のウイルスゲノムをターゲットにした 100 万種類以上のプローブ
1本鎖 DNA 、2本鎖 DNA 、2本鎖 RNA 、1本鎖 RNA に関わらずウイルスをすべてキャプチャ
ウイルス発見
新規変異株の検出
ヒトおよび非ヒトウイルス性病原体を網羅したパネル設計
長いプローブによるミスマッチ許容性の高さによって新規変異株の検出が可能
スクリーニング
エンドツーエンドのウイルススクリーニングソリューション
One Codex を用いたわかりやすい解析
データのレポートや論文にすぐ使える図表を迅速に作成
新型かつ進化したウイルスの検出

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、15,488 種類の異なる株を含む 3,153 種のウイルスの参照配列を網羅しています。
検出可能なウイルスの例:

アデノウイルス

コロナウイルス

ヘルペスウイルス

インフルエンザ A型・B型

サル痘

ノロウイルス

パピローマウイルス

パルボウイルス

ピコルナウイルス

ポックスウイルス

レトロウイルス

ラブドウイルス
 

こちらで全てのウイルス科をご確認ください。

新型ウイルス種の検出

SARS-CoV-2 の大流行とサル痘の発生は、新たなウイルス病原体の検出と監視のためのツールを改善する必要性を浮き彫りにしました。

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、さまざまな種類のサンプルに含まれる、高度に進化した新型のウイルスを迅速に同定し、その特性を明らかにするための完璧なターゲットエンリッチメントソリューションです。

検出
新型ウイルス種の網羅的な検出
3,153 種のウイルスゲノムをターゲットにした 100 万種類以上のプローブ
1本鎖 DNA 、2本鎖 DNA 、2本鎖 RNA 、1本鎖 RNA に関わらずウイルスをすべてキャプチャ
ウイルス発見
新規変異株の検出
ヒトおよび非ヒトウイルス性病原体を網羅したパネル設計
長いプローブによるミスマッチ許容性の高さによって新規変異株の検出が可能
スクリーニング
エンドツーエンドのウイルススクリーニングソリューション
One Codex を用いたわかりやすい解析
データのレポートや論文にすぐ使える図表を迅速に作成
新型かつ進化したウイルスの検出

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、15,488 種類の異なる株を含む 3,153 種のウイルスの参照配列を網羅しています。
検出可能なウイルスの例:

アデノウイルス

コロナウイルス

ヘルペスウイルス

インフルエンザ A型・B型

サル痘

ノロウイルス

パピローマウイルス

パルボウイルス

ピコルナウイルス

ポックスウイルス

レトロウイルス

ラブドウイルス
 

こちらで全てのウイルス科をご確認ください。

データ
新型ウイルスの包括的検出

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、RefSeq、FluDB、VIPR の各データベースから収集した参照配列に基づいて、1,052,421 種類のプローブで構成するように設計されています。

このパネルは、アデノウイルス、コロナウイルス、フラビウイルス、ノロウイルス、インフルエンザウイルスなどヒトに感染することが知られているあらゆるウイルス科を幅広く網羅しており、それぞれに少なくとも1つのウイルス種が含まれています。

また本パネルは、ヒトに感染するウイルスだけでなく、動物に感染するウイルス(コウモリコロナウイルスなど)もターゲットとしています。これにより、起源に関係なく、新しいウイルス種を検出することができます。

この網羅的な Twist Comprehensive Viral Research Panel を用いることで、2020 年 6 月に養豚関係者の間で発生した H1N1 インフルエンザに関連するウイルス株など、新型かつ進化した株を検出することが可能です。

新型ウイルスの包括的検出
極めて多様なウイルス配列の検出

動物におけるコロナウイルスのスパイクおよびインフルエンザのヘマグルチニン(HA)糖タンパク質の自然選択により、 SARS-CoV-2 および H1N1 インフルエンザの人獣共通感染が促進されました。

こちらの図では、 Twist Comprehensive Viral Research Panel を使用することで、最近発見されたコロナウイルス(RoBat-CoV GCCDC1 Singapore)のスパイク領域や 2020 年 6 月に養豚関係者の間で発生した H1N1 インフルエンザから単離された HA セグメントなど、キャプチャが難しい配列をうまく検出できることを示しています。

Twist のパネルは、1x 以上の深度で各配列の 99.8% 超のカバレッジを達成できました。
 

極めて多様なウイルス配列の検出
新型ウイルスのエンリッチメント

野生型の HA セグメントを 5% から 30% の設定範囲で変異させた配列を含む一連の HA セグメントを用いて、 Twist Comprehensive Viral Research Panel のミスマッチ感度を決定しました。

最大 10% の配列変異を含むサンプルについて、1x のカバレッジで完全なキャプチャを得ました。これらのデータを合わせると、 Twist Comprehensive Viral Research Panel が高度に進化したウイルス配列をキャプチャできることがわかります。

新型ウイルスのエンリッチメント
多様なウイルスを同時検出

Twist Comprehensive Viral Research Panel を使用すると、複数のウイルスを一度に検出することが可能で、さまざまな種類のサンプルにおけるメタゲノミクスの用途に使用できます。

共感染アッセイでは、このパネルはわずか 120 万リードで、ヒト RNA に混入させた4種類の異なるウイルス(アストロウイルス:1本鎖 RNA 、BK ウイルス:2本鎖 DNA 、ボカウイルス:1本鎖 DNA 、ピコビルナウイルス:2本鎖 RNA )全てを検出しました。
 

多様なウイルスを同時検出
新型ウイルスの包括的検出

Twist Comprehensive Viral Research Panel は、RefSeq、FluDB、VIPR の各データベースから収集した参照配列に基づいて、1,052,421 種類のプローブで構成するように設計されています。

このパネルは、アデノウイルス、コロナウイルス、フラビウイルス、ノロウイルス、インフルエンザウイルスなどヒトに感染することが知られているあらゆるウイルス科を幅広く網羅しており、それぞれに少なくとも1つのウイルス種が含まれています。

また本パネルは、ヒトに感染するウイルスだけでなく、動物に感染するウイルス(コウモリコロナウイルスなど)もターゲットとしています。これにより、起源に関係なく、新しいウイルス種を検出することができます。

この網羅的な Twist Comprehensive Viral Research Panel を用いることで、2020 年 6 月に養豚関係者の間で発生した H1N1 インフルエンザに関連するウイルス株など、新型かつ進化した株を検出することが可能です。

新型ウイルスの包括的検出
極めて多様なウイルス配列の検出

動物におけるコロナウイルスのスパイクおよびインフルエンザのヘマグルチニン(HA)糖タンパク質の自然選択により、 SARS-CoV-2 および H1N1 インフルエンザの人獣共通感染が促進されました。

こちらの図では、 Twist Comprehensive Viral Research Panel を使用することで、最近発見されたコロナウイルス(RoBat-CoV GCCDC1 Singapore)のスパイク領域や 2020 年 6 月に養豚関係者の間で発生した H1N1 インフルエンザから単離された HA セグメントなど、キャプチャが難しい配列をうまく検出できることを示しています。

Twist のパネルは、1x 以上の深度で各配列の 99.8% 超のカバレッジを達成できました。
 

極めて多様なウイルス配列の検出
新型ウイルスのエンリッチメント

野生型の HA セグメントを 5% から 30% の設定範囲で変異させた配列を含む一連の HA セグメントを用いて、 Twist Comprehensive Viral Research Panel のミスマッチ感度を決定しました。

最大 10% の配列変異を含むサンプルについて、1x のカバレッジで完全なキャプチャを得ました。これらのデータを合わせると、 Twist Comprehensive Viral Research Panel が高度に進化したウイルス配列をキャプチャできることがわかります。

新型ウイルスのエンリッチメント
多様なウイルスを同時検出

Twist Comprehensive Viral Research Panel を使用すると、複数のウイルスを一度に検出することが可能で、さまざまな種類のサンプルにおけるメタゲノミクスの用途に使用できます。

共感染アッセイでは、このパネルはわずか 120 万リードで、ヒト RNA に混入させた4種類の異なるウイルス(アストロウイルス:1本鎖 RNA 、BK ウイルス:2本鎖 DNA 、ボカウイルス:1本鎖 DNA 、ピコビルナウイルス:2本鎖 RNA )全てを検出しました。
 

多様なウイルスを同時検出
データ解析
One Codex 解析

Twist Comprehensive Viral Research Panel には、ウェブ解析ツールである One Codex へのアクセス権が含まれています。このクラウド型ツールは、解析のサポートだけでなく、新型ウイルス検出の取り組みについて印刷可能なレポートや論文に使える図表で文書化することも可能です。

One Codex を用いることで、 Twist Comprehensive Viral Research Panel で得られた配列データをより簡単に解析できます。簡単で操作性の高いインターフェースで配列データをアップロードすると、数分後には新規ウイルス検出結果をまとめたレポートを作成することができます。また、ユーザー独自の検出閾値や解釈を用いてバイオインフォマティクスワークフローのカスタマイズも可能です。

Twist Comprehensive Viral Research Panel を購入すると、クーポンコードや詳細な手順など、One Codex で結果を解析するために必要なものがすべて揃っています。この合理的な微生物解析プラットフォームの詳細については onecodex.com をご覧ください。
 

One Codex 解析
One Codex 解析

Twist Comprehensive Viral Research Panel には、ウェブ解析ツールである One Codex へのアクセス権が含まれています。このクラウド型ツールは、解析のサポートだけでなく、新型ウイルス検出の取り組みについて印刷可能なレポートや論文に使える図表で文書化することも可能です。

One Codex を用いることで、 Twist Comprehensive Viral Research Panel で得られた配列データをより簡単に解析できます。簡単で操作性の高いインターフェースで配列データをアップロードすると、数分後には新規ウイルス検出結果をまとめたレポートを作成することができます。また、ユーザー独自の検出閾値や解釈を用いてバイオインフォマティクスワークフローのカスタマイズも可能です。

Twist Comprehensive Viral Research Panel を購入すると、クーポンコードや詳細な手順など、One Codex で結果を解析するために必要なものがすべて揃っています。この合理的な微生物解析プラットフォームの詳細については onecodex.com をご覧ください。
 

One Codex 解析
注文・仕様
製品 SKU

103545

Twist Comprehensive Viral Research Panel with One Codex software, 2 Reactions, Kit

103547

Twist Comprehensive Viral Research Panel with One Codex software, 12 Reactions, Kit

103548

Twist Comprehensive Viral Research Panel with One Codex software, 96 Reactions, Kit
仕様

ワークフローステップ

ターゲットエンリッチメント

形式

dsDNA

パネルサイズ

36.8 Mb

コンテンツ

ウイルス配列

設計データベース

FluDB、RefSeq、VIPRdb

保管条件

-5 から-30 ℃ で保存
製品 SKU

103545

Twist Comprehensive Viral Research Panel with One Codex software, 2 Reactions, Kit

103547

Twist Comprehensive Viral Research Panel with One Codex software, 12 Reactions, Kit

103548

Twist Comprehensive Viral Research Panel with One Codex software, 96 Reactions, Kit
仕様

ワークフローステップ

ターゲットエンリッチメント

形式

dsDNA

パネルサイズ

36.8 Mb

コンテンツ

ウイルス配列

設計データベース

FluDB、RefSeq、VIPRdb

保管条件

-5 から-30 ℃ で保存
資料