cfDNA Library Preparation Kit

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高感度・高変換効率・低インプット対応

Twist cfDNA Library Preparation with TrueAmp Polymerase Mix Kitは、循環セルフリーDNAから高品質のライブラリを調製します。

Twist cfDNA Library Preparation Kit は当社の最高品質のライブラリ調製ソリューションで、低インプットのサンプルでも、堅牢なパフォーマンスと高い変換効率が得られます。

レアバリアントの検出を最大化

変換効率の高さにより、レアバリアント（≦ 0.1% VAF）を確実に検出
Twist UMI Adapter System に対応した Duplex シーケンシングワークフローで使用可能な高カバレッジライブラリを生成

貴重なサンプルのワークフローを効率化

低インプット量（< 1 ng）のサンプルでも堅牢なパフォーマンス
シーケンシング可能なライブラリを 2 時間で調製

バイアスのない増幅

5% ～ 95% の GC 含量の範囲で一貫したカバレッジを実現し、難易度の高いゲノム領域やキャプチャが困難なターゲットの可視性を維持
DNA インプット量が 100 pg 以下でも、複雑なライブラリから一貫して得られる高収量
高い忠実度とホモポリマーのスリッページ低減により、信頼性の高いバリアントコール

信頼性の高いスケーラブルなcfDNAワークフローのための遺伝子工学的パフォーマンス

この cfDNA ワークフローでは、設計された GC バランスと高忠実度の増幅を活用しています。この設計により、低頻度バリアントの検出を損なう可能性のある PCR 由来のエラーを最小限に抑えながら、高い増幅収量を実現します。

その結果、2 時間という高速ワークフローで、均一かつ高品質なライブラリが得られます。アプタマーベースのホットスタート制御により、自動化ワークフローに適した室温における安定性を実現し、単一チューブに2X マスターミックスを入れたことで、WGS およびターゲットエンリッチメントの両方のワークフローを効率化します。

※ 研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。

Twist TrueAmp Polymerase Mix

NGS ワークフロー用に設計された低バイアス・高忠実度の増幅

お客様の声

「固形臓器に蓄積する遺伝子変異のゲノム解析を行い、体細胞変異の低頻度変異体を確実に検出できる検出システムを構築しています。By using the Twist cfDNA Library preparation kit, we not only obtain a library yield comparable to the conventional method from a small amount (1.5 ng) of fragmented DNA even if we reduce one less PCR cycle, but also increase the average coverage of the existing target capture sequence by 30% after constructing error-corrected reads using unique molecular indices. Twist's ligation process is simple and quick for library preparation and is expected to expand the application of molecular barcoding in trace systems." - Dr. Nobuyuki Kakiuchi

京都大学大学院医学研究科腫瘍生物学講座・白眉プロジェクト准教授

*この結果は、当該研究機関独自で得られたものであり、他の研究機関では必ずしも同じ結果が得られない可能性もあります。

PCR による高忠実度の増幅

PCR フリーと同等のエラー率を実現する高忠実度増幅 Twist TrueAmp Polymerase を用いて調製した cfDNA ライブラリは、測定されたすべての塩基置換において、実質的に PCR フリーの cfDNA ライブラリと同等の置換エラー率を示しています。この増幅ワークフローでは、PCR を使用しない調製法で見られたのと同じ低エラー率が維持されています。

図 1： TrueAmp による増幅ありの場合と増幅なしの場合で同等の塩基置換エラー率。 Twist cfDNA Library Preparation Kit を使用し、Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 をインプット材料としてライブラリを生成。PCR を実施しない条件では、ライゲーションの際に Twist Full Length Unique Dual Index (UDI) Adapters を使用し、PCR を実施する条件では、ライゲーションの際に Twist Universal Adapters を使用した。PCR 条件としては、Twist TrueAmp Polymerase Mix および UDI プライマーを用いて、6 サイクルで増幅を行った。ライブラリをプールし、シーケンシングを行って分析した。PCR なしで構築したライブラリと TrueAmp を用いたライブラリの間で、同程度のエラー率が見られる。

高変換率 = 高収量

Twist cfDNA Library Preparation Kit は、より高収量の cfDNA ライブラリ調製を実現。

ライブラリ調製後、サンプルを 20 μL の水に溶出させ、QubitTM dsDNA Broad Range Kit で 1 μL を定量しました。

より高感度かつ高精度

Twist cfDNA Library Preparation and Hyb Mix Kit では、VAF 0.25% まで高感度かつ正確な変異の検出が可能。

ライブラリは、Pan-Cancer Standard サンプルにおける 217 個の SNP 変異部位を標的とするカスタム 50 kb オンコロジーパネルを用いてシングルプレックスでキャプチャ。「Variant Missed」（検出されなかったバリアント率）は、バリアントファミリーが 1 つ未満の部位の合計を、検出可能なバリアント部位の総数で割ることで算出されます。