Optimizing the efficiency of next generation sequencing (NGS) often involves targeted enrichment of genomic regions of interest prior to sequencing. Twist Bioscience のターゲットエンリッチメントワークフローでは、ビオチン化された合成 DNA プローブがエクソンやその他のカスタムゲノム領域にハイブリダイズするように設計されています。ゲノム DNAサンプルとハイブリダイゼーションを実施後、プローブを精製して、ターゲット領域が濃縮されたサンプルを作製します。
Twist Universal Blockers は、アダプター配列間の非特異的なハイブリダイゼーションをブロックすることで、ターゲットキャプチャの特異性を高めます。ハイブリダイゼーションの際に非特異的な相互作用をブロックすることで、実験のデザインと実行を簡素化し、シーケンス解析コストを削減し、ターゲットシーケンス作業の結果を改善することができます。
ダウンロード
Twist Universal Blockers は、独自のユニバーサルアダプター配列の混合物を含んでいます。これらの配列は、ゲノムライブラリの断片と結合し、TruSeq 対応アダプター間のクロスハイブリダイゼーションをブロックし、オンターゲットキャプチャ率を向上させます。Twist Universal Blockers は、TruSeq 対応アダプターを使用するあらゆるターゲットエンリッチメント ワークフローのパフォーマンスを向上させることができます。
柔軟性を最大化する堅牢な設計
Twist Universal Blockers の堅牢なデザインは柔軟性を最大化し、ターゲットエンリッチメントのワークフローを効率化します。すべての Twist ターゲットエンリッチメントパネルに対応し、インデックス配列の種類に関係なく、シングルプレックスおよびマルチプレックス両方のターゲットエンリッチメントワークフローにわたり、パネルサイズにも依存せず、オンターゲットリードのキャプチャを改善します。Twist Universal Blockers を使用すると、ターゲットエンリッチメントのパフォーマンスを損ねることなく、実験に最適なアダプターインデックスのデザインを選択することができます。
TruSeq アダプターインデックス設計における Twist Universal Blockers のパフォーマンス
パフォーマンスは、インデックスのデザインには依存しません。この図では、さまざまなシングル／デュアルインデックス TruSeq 対応アダプターにおける Twist Universal Blockers のオンターゲットパフォーマンスを示しています。個々のライブラリは、単一ゲノムソース（NA12878；Coriell）とインデックス長が 6 ～ 14 bp の TruSeq 対応アダプターから作製しました（分子バーコード [Unique Molecular Identifier : UMI] の長さは含まれていません）。ハイブリッドキャプチャは、 Twist Universal Blockers を用いない条件または用いる条件で、エクソーム ターゲットエンリッチメントパネル（33.1 Mb； Twist Bioscience）とライブラリあたり 500 ng のゲノム DNA を用いて、16 時間のハイブリダイゼーション反応というメーカー推奨に従って実施しました。Cot DNA をすべてのサンプルに用いました。NextSeq 500/550 High Output v2 キットを用いてシーケンス解析を行い、2 × 76 のペアエンドリードを生成しました。データはターゲットサイズの 150x にダウンサンプリングし、マッピング品質閾値 20 の設定で Picard Metrics を使用して解析しました。On-Bait の塩基のパーセンテージは、On-Bait と Near-Bait の塩基両方を含み、1 － PCT_OFF_BAIT の式で定義されます。エラーバーは、標準偏差すなわち測定値の範囲を示しています（N ≥ 2）。
パネルデザインの柔軟性を最大化する、堅牢なブロッカー設計
パフォーマンスは、パネルサイズには依存しません。こちらの図では、さまざまなパネルサイズでの Twist Universal Blockers のオンターゲットパフォーマンスを示しています。個々のライブラリは、単一のゲノムソース（NA12878; Coriell）と 8 bp のデュアルインデックス TruSeq 対応アダプターから作製しました。ハイブリッドキャプチャは、 Twist Universal Blockers を用いない条件または用いる条件で、さまざまなサイズのターゲットエンリッチメントパネル（0.04 Mb ～ 33.1 Mb； Twist Bioscience）とライブラリあたり 500 ng のゲノム DNA を使用して、16 時間のハイブリダイゼーション反応というメーカー推奨に従って行いました。Cot DNA をすべてのサンプルに用いました。NextSeq 500/550 High Output v2 キットを用いてシーケンス解析を行い、2 × 76 のペアエンドリードを生成しました。データはターゲットサイズの 150x にダウンサンプリングし、マッピング品質閾値 20 の設定で Picard Metrics を使用して解析しました。On-Bait の塩基のパーセンテージは、On-Bait と Near-Bait の塩基両方を含み、1 － PCT_OFF_BAIT の式で定義されます。エラーバーは測定値の範囲を示しています（N = 2）。
Twist Bioscience本社
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080
人工遺伝子
オリゴプール
NGS
変異体配列ライブラリ
抗体
IVDRソリューション
