野生型タンパク質の発現を維持するために：

• レアコドン（コドン頻度が 8% 未満のもの）の使用は避けます。
• 得られた配列の最初の 48 塩基対に強いヘアピン構造（ΔG < －8）がないことを確認します。
• 含まないように依頼された酵素切断部位がないか、二本鎖の両方を確認します。
• 強いシグマ 70 結合部位を作らないようにすることで、発現配列の内部にプロモーター配列を導入することを避けます。
• リボソームと強く結合する部位となる配列（GGAGG や TAAGGAG）は避けます。
• ターミネーター配列（TTTTT や AAAAA）となる配列は避けます。

遺伝子合成の成功率を高めるために：

• 20 塩基対より長い反復配列は導入しません。
• 10 塩基以上のホモポリマー配列は避けます。
• 全体的な GC 含量が 25% 未満または 65% 超、局所領域（50 bp）の GC 含量が 35% 未満または 65% 超になるような配列は避けます。

なお、コドン最適化は合成の成功率を上げることに有効であり、タンパク質の発現向上には有効ではありません。