バイアスと不要なモチーフの除去
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概要 データ ご注文 資料
概要

精密な変異体遺伝子ライブラリテクノロジーにより、ピントの合ったスクリーニングを実現

Twist の超並列シリコンベース DNA合成プラットフォームは、非常に均一かつ正確なオリゴの製造を可能にします。90% のオリゴが平均値の 2.5 倍未満で存在すると共に、業界トップクラスの低エラー率 1 : 2,000 nt を実現しました。

Twist が持つ分子生物学の専門的基盤を活用したオリゴ合成プラットフォームにより、高度に均一な変異の導入と、不要なバイアスやモチーフのないユーザーが希望する通りの高度に特異的な組成を有する、多様性の高い遺伝子変異体ライブラリの作製が可能です。Twist のライブラリテクノロジーは、変異体遺伝子の配列空間の網羅的な探索を可能にします。

高い多様性と精度
高い多様性と精度
単一または複数の領域へ複数の変異を簡単に導入
コドン頻度(全 64 コドン)、アミノ酸分布、長さのばらつきを精密に制御
検証済みの品質
検証済みの品質
変異導入部位の NGS での検証など厳格な品質管理
配列多様性の割合を記録
ユーザーの希望通りの均一な変異の分布
未成熟終止コドンや不要なコドンなし
柔軟性
柔軟性
すべての配列、単一または複数の領域、それらの組み合わせ(単一、二重、三重変異)に対応
モジュール式合成システムのため、ライブラリ構築を繰り返し可能
TRIM や縮重の手法よりも高い柔軟性
精密な変異体遺伝子ライブラリテクノロジーにより、ピントの合ったスクリーニングを実現

限られた領域(例えば CDR)で複雑かつ高多様性を持つライブラリを構築する Twist Bioscience の能力と、構築物の長さに多様性を持つ人工 DNA ライブラリの構築を可能にする技術の進歩について詳しくご紹介します。

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精密な変異体遺伝子ライブラリテクノロジーにより、ピントの合ったスクリーニングを実現

Twist の超並列シリコンベース DNA合成プラットフォームは、非常に均一かつ正確なオリゴの製造を可能にします。90% のオリゴが平均値の 2.5 倍未満で存在すると共に、業界トップクラスの低エラー率 1 : 2,000 nt を実現しました。

Twist が持つ分子生物学の専門的基盤を活用したオリゴ合成プラットフォームにより、高度に均一な変異の導入と、不要なバイアスやモチーフのないユーザーが希望する通りの高度に特異的な組成を有する、多様性の高い遺伝子変異体ライブラリの作製が可能です。Twist のライブラリテクノロジーは、変異体遺伝子の配列空間の網羅的な探索を可能にします。

高い多様性と精度
高い多様性と精度
単一または複数の領域へ複数の変異を簡単に導入
コドン頻度(全 64 コドン)、アミノ酸分布、長さのばらつきを精密に制御
検証済みの品質
検証済みの品質
変異導入部位の NGS での検証など厳格な品質管理
配列多様性の割合を記録
ユーザーの希望通りの均一な変異の分布
未成熟終止コドンや不要なコドンなし
柔軟性
柔軟性
すべての配列、単一または複数の領域、それらの組み合わせ(単一、二重、三重変異)に対応
モジュール式合成システムのため、ライブラリ構築を繰り返し可能
TRIM や縮重の手法よりも高い柔軟性
精密な変異体遺伝子ライブラリテクノロジーにより、ピントの合ったスクリーニングを実現

限られた領域(例えば CDR)で複雑かつ高多様性を持つライブラリを構築する Twist Bioscience の能力と、構築物の長さに多様性を持つ人工 DNA ライブラリの構築を可能にする技術の進歩について詳しくご紹介します。

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データ
高品質なデータ

Twist Bioscience のシリコンベース DNA合成プラットフォームとライブラリテクノロジーは、信頼性の高いデータをより短時間で生成する高品質のライブラリを科学者に提供します。他の2つの競合技術と比較すると(図を参照)、 Twist のライブラリは設計したアミノ酸頻度からのずれが1% 未満でした。Twist のインシリコ DNA合成プラットフォームは、設計されたアミノ酸比率に正確に適合することに加え、マルチドメインライブラリに望ましい結合モチーフや長さのバリエーションをシームレスに組み込むことができるので、変異空間の網羅的分析を可能にする変異体遺伝子ライブラリを正確にデザインし、カスタマイズすることができます。

また、 Twist ライブラリでは、NNK ライブラリや TRIM ライブラリにありがちな問題や課題を回避することができます。各変異体は塩基単位でプリントされ、合成前にスクリーニングされるため、終止コドン、負の影響を与えるモチーフ、不要な変異、望ましくないバイアスなどがすべてプロセスの最初に排除されます。その結果、要求された通り機能の点でさまざまな変異体がライブラリに濃縮され、スクリーニングの負担が軽減されます。

業界をリードし、すぐに使えて、高度に多様かつ精密に設計されたライブラリを用いることで、研究目標の達成を実現するより多くの機会を手にすることができます。

Twistテクノロジー比較 NNK vs Trimer vs Twist
優れたライブラリ

Twist は分子生物学の高度な専門性を有しており、変異体遺伝子ライブラリを精密に構築することが可能です。当社の一塩基制御アプローチにより、スクリーニングプロセスに悪影響を与えるモチーフを排除した高多様性ライブラリをご提供可能です。当社は、目的とする変異をお客様自身が決めた比率で備えた、比類のない品質かつ完全カスタマイズのライブラリをご用意します。ここではその品質を表すコンビナトリアル変異体ライブラリ (CVL) の例を示しています。7つの連続したアミノ酸についての変異体が作製され、それぞれの位置で予想通りの変異が見られ、ほぼすべてが目的とする比率になっています。

Position 1 と Position 6 では、野生型アミノ酸がそれぞれ 40%(Position 1)と 30%(Position 6)の比率になるよう設計されました。残りの 18 種のアミノ酸は、いずれも 3.3% 程度の低い割合となるよう設計されました。

Position 3 から Position 5 では、アミノ酸残基すべてが設計値、実測値とも 5.3%でした。

変異体遺伝子ライブラリCVL分布
ユーザー定義 CDR ライブラリ

Twist Bioscience の精密な変異体遺伝子ライブラリでは、どのような CDR(相補性決定領域)配列をフレームワークに組み込むかを選択することができます。

各 CDR はコドン最適化が可能で、不要な制限酵素認識部位が含まれないようにすることができます。機械学習はすでに、抗体ライブラリの解析や、例えばより高い親和性や特異性をもたらすような特定の CDR の組み合わせを同定するためのツールとして用いられており、科学研究に不可欠な要素となっています。

Twist のシリコンベース合成プラットフォームと組み合わせることで、解析の結果生成された明確なライブラリの組み合わせを完全人工合成ライブラリにシームレスに組み込むことで、変異体空間の探索を洗練させることができます。

ユーザー定義 CDR ライブラリ

 

ライブラリのクローニングオプション

 

当社のプラットフォームでは、高度に複雑なオリゴヌクレオチドを均一に合成することができ、下流のワークフローにおいて潜在的なバイアスを最小限に抑えることができます。当社の科学者チームは、ライブラリの作製とクローニングにおいて、均一性を維持する方法を開発しました。これらは、一般的にバイアスを引き起こすことがわかっているワークフローのステップであり、スクリーンやアッセイで一部のバリアントが不均衡に発現することにつながっている可能性があります。クローン化されたライブラリは、出発点の均一性を維持し、ドロップアウトや発現量の少ないバリアントを最小限に抑えることで、高いレベルの多様性を維持することができ、スクリーニングの時間と労力の削減に貢献しています。

 

アミノ酸の測定

この図は、作製後(Linear)とクローニング後(Cloned)の各バリアント位置で観察されたアミノ酸分布を、所望の頻度(Expected)と比較して示したものです。

 

NGS により品質管理されたライブラリ

NGS を用いてすべてのライブラリが検証されているため、機能向上が見込めない変異をネガティブデータから特定し、次のライブラリ設計の際にそれらを削除することができます。

この表は、ライブラリリニアアセンブリ後およびクローニング後の変異原性ドメインの4つの部位におけるアミノ酸頻度(%)です。各部位の想定(Expected)側の列には、それぞれ望ましいアミノ酸置換頻度が示されています。このデータは、予想されるすべてのバリアントがすべての位置に存在し、アセンブリとクローニングを通して均一性が維持されたことを示しています。

 

ORF
高品質なデータ

Twist Bioscience のシリコンベース DNA合成プラットフォームとライブラリテクノロジーは、信頼性の高いデータをより短時間で生成する高品質のライブラリを科学者に提供します。他の2つの競合技術と比較すると(図を参照)、 Twist のライブラリは設計したアミノ酸頻度からのずれが1% 未満でした。Twist のインシリコ DNA合成プラットフォームは、設計されたアミノ酸比率に正確に適合することに加え、マルチドメインライブラリに望ましい結合モチーフや長さのバリエーションをシームレスに組み込むことができるので、変異空間の網羅的分析を可能にする変異体遺伝子ライブラリを正確にデザインし、カスタマイズすることができます。

また、 Twist ライブラリでは、NNK ライブラリや TRIM ライブラリにありがちな問題や課題を回避することができます。各変異体は塩基単位でプリントされ、合成前にスクリーニングされるため、終止コドン、負の影響を与えるモチーフ、不要な変異、望ましくないバイアスなどがすべてプロセスの最初に排除されます。その結果、要求された通り機能の点でさまざまな変異体がライブラリに濃縮され、スクリーニングの負担が軽減されます。

業界をリードし、すぐに使えて、高度に多様かつ精密に設計されたライブラリを用いることで、研究目標の達成を実現するより多くの機会を手にすることができます。

Twistテクノロジー比較 NNK vs Trimer vs Twist
優れたライブラリ

Twist は分子生物学の高度な専門性を有しており、変異体遺伝子ライブラリを精密に構築することが可能です。当社の一塩基制御アプローチにより、スクリーニングプロセスに悪影響を与えるモチーフを排除した高多様性ライブラリをご提供可能です。当社は、目的とする変異をお客様自身が決めた比率で備えた、比類のない品質かつ完全カスタマイズのライブラリをご用意します。ここではその品質を表すコンビナトリアル変異体ライブラリ (CVL) の例を示しています。7つの連続したアミノ酸についての変異体が作製され、それぞれの位置で予想通りの変異が見られ、ほぼすべてが目的とする比率になっています。

Position 1 と Position 6 では、野生型アミノ酸がそれぞれ 40%(Position 1)と 30%(Position 6)の比率になるよう設計されました。残りの 18 種のアミノ酸は、いずれも 3.3% 程度の低い割合となるよう設計されました。

Position 3 から Position 5 では、アミノ酸残基すべてが設計値、実測値とも 5.3%でした。

変異体遺伝子ライブラリCVL分布
ユーザー定義 CDR ライブラリ

Twist Bioscience の精密な変異体遺伝子ライブラリでは、どのような CDR(相補性決定領域)配列をフレームワークに組み込むかを選択することができます。

各 CDR はコドン最適化が可能で、不要な制限酵素認識部位が含まれないようにすることができます。機械学習はすでに、抗体ライブラリの解析や、例えばより高い親和性や特異性をもたらすような特定の CDR の組み合わせを同定するためのツールとして用いられており、科学研究に不可欠な要素となっています。

Twist のシリコンベース合成プラットフォームと組み合わせることで、解析の結果生成された明確なライブラリの組み合わせを完全人工合成ライブラリにシームレスに組み込むことで、変異体空間の探索を洗練させることができます。

ユーザー定義 CDR ライブラリ

 

ライブラリのクローニングオプション

 

当社のプラットフォームでは、高度に複雑なオリゴヌクレオチドを均一に合成することができ、下流のワークフローにおいて潜在的なバイアスを最小限に抑えることができます。当社の科学者チームは、ライブラリの作製とクローニングにおいて、均一性を維持する方法を開発しました。これらは、一般的にバイアスを引き起こすことがわかっているワークフローのステップであり、スクリーンやアッセイで一部のバリアントが不均衡に発現することにつながっている可能性があります。クローン化されたライブラリは、出発点の均一性を維持し、ドロップアウトや発現量の少ないバリアントを最小限に抑えることで、高いレベルの多様性を維持することができ、スクリーニングの時間と労力の削減に貢献しています。

 

アミノ酸の測定

この図は、作製後(Linear)とクローニング後(Cloned)の各バリアント位置で観察されたアミノ酸分布を、所望の頻度(Expected)と比較して示したものです。

 

NGS により品質管理されたライブラリ

NGS を用いてすべてのライブラリが検証されているため、機能向上が見込めない変異をネガティブデータから特定し、次のライブラリ設計の際にそれらを削除することができます。

この表は、ライブラリリニアアセンブリ後およびクローニング後の変異原性ドメインの4つの部位におけるアミノ酸頻度(%)です。各部位の想定(Expected)側の列には、それぞれ望ましいアミノ酸置換頻度が示されています。このデータは、予想されるすべてのバリアントがすべての位置に存在し、アセンブリとクローニングを通して均一性が維持されたことを示しています。

 

ORF
ご注文

Site Saturation Variant Libraries のご注文を心よりお待ちしております。上記の「お見積もりはこちら」ボタンをクリックすると、簡単なフォームが表示されますので、ご記入ください。すぐに担当者からご連絡させていただき、ご注文の詳細をお伺いいたします。

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