バイアスと不要なモチーフの除去
バイアスと不要なモチーフの除去
バイアスと不要なモチーフの除去
概要 データ ご注文 資料
概要

Precision Variant Library Technology Allows for Focused Screening

Twistの大規模並列シリコンベースのDNA合成プラットフォームは、90%のオリゴが平均存在量の2.5倍の差以内に存在し、業界最高クラスの低エラー率1:2,000 ntを達成した、均一性の高い正確なオリゴを製造します。

当社が持つ分子生物学の豊富な専門知識を活用することで、高度に均一な変異の導入や、不要なバイアスやモチーフのない、ユーザーが希望する変異の割合で特異性を高めた非常に多様な遺伝子変異ライブラリの作成が可能です。Twistのライブラリテクノロジーは、タンパク質の配列の網羅的な探索を可能にします。

高い多様性と精度
高い多様性と精度
単一または複数の足場となるドメインへ複数の変異を簡単に導入
コドン使用(全64コドン)、アミノ酸分布、長さのバリエーションを精密に制御
品質の検証
品質の検証
厳格な品質管理、変異導入部位は次世代シーケンスで検証
配列バリエーションの割合を分析
ユーザーが希望する変異の均一な分布
未成熟終止コドンや不要なコドンなし
柔軟性
柔軟性
すべてのシーケンス、単一または複数ドメインおよびその組み合わせ(単一、二重、三重変異)に対応
ライブラリの変更時に複数のモジュールから一部のモジュールを再利用可能
TRIMや縮重プライマーよりも高い柔軟性
Precision Variant Library Technology Allows for Focused Screening

Twistの限定された領域(例えばCDR)における複雑で高い多様性を持つライブラリを構築する機能、および構成の方向に従って適当に散らばる多様性を持つ、合成DNAライブラリの構築を可能にする技術の進歩の詳細についてご紹介します。

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Precision Variant Library Technology Allows for Focused Screening

Twistの大規模並列シリコンベースのDNA合成プラットフォームは、90%のオリゴが平均存在量の2.5倍の差以内に存在し、業界最高クラスの低エラー率1:2,000 ntを達成した、均一性の高い正確なオリゴを製造します。

当社が持つ分子生物学の豊富な専門知識を活用することで、高度に均一な変異の導入や、不要なバイアスやモチーフのない、ユーザーが希望する変異の割合で特異性を高めた非常に多様な遺伝子変異ライブラリの作成が可能です。Twistのライブラリテクノロジーは、タンパク質の配列の網羅的な探索を可能にします。

高い多様性と精度
高い多様性と精度
単一または複数の足場となるドメインへ複数の変異を簡単に導入
コドン使用(全64コドン)、アミノ酸分布、長さのバリエーションを精密に制御
品質の検証
品質の検証
厳格な品質管理、変異導入部位は次世代シーケンスで検証
配列バリエーションの割合を分析
ユーザーが希望する変異の均一な分布
未成熟終止コドンや不要なコドンなし
柔軟性
柔軟性
すべてのシーケンス、単一または複数ドメインおよびその組み合わせ(単一、二重、三重変異)に対応
ライブラリの変更時に複数のモジュールから一部のモジュールを再利用可能
TRIMや縮重プライマーよりも高い柔軟性
Precision Variant Library Technology Allows for Focused Screening

Twistの限定された領域(例えばCDR)における複雑で高い多様性を持つライブラリを構築する機能、および構成の方向に従って適当に散らばる多様性を持つ、合成DNAライブラリの構築を可能にする技術の進歩の詳細についてご紹介します。

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データ
高品質なデータ

Twist BioscienceのシリコンベースDNA合成プラットフォームとライブラリ技術は、信頼性の高いデータをより短時間で生成する高品質のライブラリを提供します。2つの他社の技術と比較すると(図1)、Twistのライブラリは、設計したアミノ酸頻度からのずれが1%未満でした。Twistのin-silico DNA合成プラットフォームは、設計されたアミノ酸比率に正確に適合することに加え、マルチドメインライブラリ全体に望ましい結合モチーフや長さのバリエーションをシームレスに組み込むことができるので、バリアント空間の包括的分析を可能にする変異体遺伝子ライブラリを正確にデザインし、カスタマイズすることができます。

また、Twistライブラリでは、NNKライブラリやTRIMライブラリにありがちな問題や課題を回避することができます。各変異体は塩基ごとにプリントされ、合成前にスクリーニングされるため、停止コドン、責任モチーフ、不要な変異、望ましくないバイアスなどがすべてプロセスの最初に排除されます。その結果、要求された機能的変異がライブラリに濃縮され、スクリーニングの負担が軽減されます。

業界をリードする、すぐに使える、高度に多様で精密に設計されたライブラリは、研究目標を達成するためのより多くの機会を提供します。

Twistテクノロジー比較 NNK vs Trimer vs Twist
優れたライブラリ

Twistでは、分子生物学に関する専門知識を活用して、変異体ライブラリを正確かつ効率的に作製しています。当社の単一塩基制御アプローチにより、モチーフ配列を排除することでスクリーニングプロセスの混乱を回避し、高多様性ライブラリをご提供可能です。当社は、目的とする変異体をお客様自身が決めた比率で備えた、比類のない品質かつフルカスタマイズのライブラリをご用意します。ここではその品質の代表例としてCVLの結果を示しています。7つの連続するアミノ酸部位における変異体が作製され、各部位で予想通りの変異体が見られ、ほぼすべてが目的とする比率になっています。

Position 1とPosition 6では、野生型アミノ酸がそれぞれ40%(Position 1)と30%(Position 7)となるよう求められました。残りの18種のアミノ酸は、いずれも3.3%程度の低い数値となるように設計しました。

Position 3からPosition 5では、アミノ酸残基すべてが求められ、5.3%であることが観察されました。

変異体遺伝子ライブラリCVL分布
ユーザー定義CDRライブラリ

Twist Bioscienceの高多様性ライブラリでは、ユニークなCDR(相補性決定領域)配列の変異体を組合せることができます。

それぞれのCDRは不要な終止コドンや制限酵素認識配列が含まないようコドンが最適化されています。機械学習はすでに、抗体ライブラリの分析やより高水準の親和性や特異性などにつながるようなユニークCDRの組み合わせを特定するためのツールとして用いられており、科学研究に不可欠な要素となっています。

Twistのシリコンベースの合成プラットフォームと組み合わせることで、解析から生成された明示的なライブラリの組み合わせを合成し、完全合成ライブラリにシームレスに組み込むことで、変異体空間の探索を精密に行うことができます。

ユーザー定義CDRライブラリ

 

Cloning Option For Libraries

Our platform enables uniform synthesis of highly complex oligonucleotides which minimizes potential bias in the downstream workflow. Our team of scientists have developed a strategy to maintain that uniformity throughout library fabrication and cloning. These are steps in the workflow that have been commonly shown to introduce bias which can lead to some variants showing up disproportionately in screens/assays. By maintaining the starting uniformity and minimizing the dropouts as well as under-represented variants, our cloned libraries are able to maintain a high level of diversity which helps reduce screening time and effort. 

 

Observed Amino

 


The figure shows the observed amino acid distribution at each variant position after fabrication (linear) and after cloning as it compares to the desired frequency (expected)

NGSにより品質管理されたライブラリ

すべてのライブラリがNGSを用いて検証されているため、ネガティブデータから機能向上が見込めない変異を特定し、次のライブラリ設計の際にそれらを削除することができます。

The table shows the amino acid frequency (%) at four sites of a mutagenic domain after library linear assembly and after cloning. The expected columns for each position shows the desired frequency of each amino acid substitution. This data shows that all expected variants were present at all positions, and uniformity was maintained throughout assembly and cloning.

ORF
高品質なデータ

Twist BioscienceのシリコンベースDNA合成プラットフォームとライブラリ技術は、信頼性の高いデータをより短時間で生成する高品質のライブラリを提供します。2つの他社の技術と比較すると(図1)、Twistのライブラリは、設計したアミノ酸頻度からのずれが1%未満でした。Twistのin-silico DNA合成プラットフォームは、設計されたアミノ酸比率に正確に適合することに加え、マルチドメインライブラリ全体に望ましい結合モチーフや長さのバリエーションをシームレスに組み込むことができるので、バリアント空間の包括的分析を可能にする変異体遺伝子ライブラリを正確にデザインし、カスタマイズすることができます。

また、Twistライブラリでは、NNKライブラリやTRIMライブラリにありがちな問題や課題を回避することができます。各変異体は塩基ごとにプリントされ、合成前にスクリーニングされるため、停止コドン、責任モチーフ、不要な変異、望ましくないバイアスなどがすべてプロセスの最初に排除されます。その結果、要求された機能的変異がライブラリに濃縮され、スクリーニングの負担が軽減されます。

業界をリードする、すぐに使える、高度に多様で精密に設計されたライブラリは、研究目標を達成するためのより多くの機会を提供します。

Twistテクノロジー比較 NNK vs Trimer vs Twist
優れたライブラリ

Twistでは、分子生物学に関する専門知識を活用して、変異体ライブラリを正確かつ効率的に作製しています。当社の単一塩基制御アプローチにより、モチーフ配列を排除することでスクリーニングプロセスの混乱を回避し、高多様性ライブラリをご提供可能です。当社は、目的とする変異体をお客様自身が決めた比率で備えた、比類のない品質かつフルカスタマイズのライブラリをご用意します。ここではその品質の代表例としてCVLの結果を示しています。7つの連続するアミノ酸部位における変異体が作製され、各部位で予想通りの変異体が見られ、ほぼすべてが目的とする比率になっています。

Position 1とPosition 6では、野生型アミノ酸がそれぞれ40%(Position 1)と30%(Position 7)となるよう求められました。残りの18種のアミノ酸は、いずれも3.3%程度の低い数値となるように設計しました。

Position 3からPosition 5では、アミノ酸残基すべてが求められ、5.3%であることが観察されました。

変異体遺伝子ライブラリCVL分布
ユーザー定義CDRライブラリ

Twist Bioscienceの高多様性ライブラリでは、ユニークなCDR(相補性決定領域)配列の変異体を組合せることができます。

それぞれのCDRは不要な終止コドンや制限酵素認識配列が含まないようコドンが最適化されています。機械学習はすでに、抗体ライブラリの分析やより高水準の親和性や特異性などにつながるようなユニークCDRの組み合わせを特定するためのツールとして用いられており、科学研究に不可欠な要素となっています。

Twistのシリコンベースの合成プラットフォームと組み合わせることで、解析から生成された明示的なライブラリの組み合わせを合成し、完全合成ライブラリにシームレスに組み込むことで、変異体空間の探索を精密に行うことができます。

ユーザー定義CDRライブラリ

 

Cloning Option For Libraries

Our platform enables uniform synthesis of highly complex oligonucleotides which minimizes potential bias in the downstream workflow. Our team of scientists have developed a strategy to maintain that uniformity throughout library fabrication and cloning. These are steps in the workflow that have been commonly shown to introduce bias which can lead to some variants showing up disproportionately in screens/assays. By maintaining the starting uniformity and minimizing the dropouts as well as under-represented variants, our cloned libraries are able to maintain a high level of diversity which helps reduce screening time and effort. 

 

Observed Amino

 


The figure shows the observed amino acid distribution at each variant position after fabrication (linear) and after cloning as it compares to the desired frequency (expected)

NGSにより品質管理されたライブラリ

すべてのライブラリがNGSを用いて検証されているため、ネガティブデータから機能向上が見込めない変異を特定し、次のライブラリ設計の際にそれらを削除することができます。

The table shows the amino acid frequency (%) at four sites of a mutagenic domain after library linear assembly and after cloning. The expected columns for each position shows the desired frequency of each amino acid substitution. This data shows that all expected variants were present at all positions, and uniformity was maintained throughout assembly and cloning.

ORF
ご注文

ライブラリのご注文を心よりお待ちしております。上の「お見積もり」ボタンをクリックすると、簡単なフォームが表示されますので、ご記入ください。すぐにこちらからご連絡させていただき、ご注文の詳細をお伺いいたします。

すでにTwistのアカウントをお持ちの方は、ログインして、オンラインでご注文内容を入力することができます。
 

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